近年来，吉通药业 “五级质量保证体系”的管理理念，即“企业决策层、对供应商进行严格的管理、质量方针执行部门、生产操作一线、售后质量管理”的五级质控体系，构筑起更广阔的质量保证长城。
吉通药业首先把好原辅材料、包装材料供应客户关，对其资质进行审查，再进行现场质量审计，合格后进行小试检验的加速实验，各项实验符合要求后，方批量采购。之后在每一批原辅料、包装材料进厂时，都严格按法定标准进行全检，并按高于法定标准的企业内控标准进行判断和放行。每年年终从供货质量、供货数量准确度、售后服务、供货及时性、价格等五个方面对供应商进行评价，符合要求的才允许继续供货。
中药材的质量对中成药药品质量的影响更大，为解决地域性差异对中药材质量所造成的质量参差不齐问题，吉通药业大力推广中药材规范种植GAP项目，拥有GAP种植基地。
近几年，吉通药业采取质量教育的培训、宣传、竞赛等活动，使全公司上下熟悉GMP规范和相关的政策法规，明白质量的重要性。同时，为了解决生产中存在的各种质量技术问题，他们还成立了——由制造部主导解决、厂级牵头解决、外协解决三个层面技术攻关小组，将质量问题消灭在萌芽状态。
吉通在对生产全过程深入开展GMP管理的同时，以通俗易懂的5S（通过整理、整顿、清扫、清洁、素养）和QC活动为突破口，进行管理创新，实现精细化生产管理。大家从人、生产机器、制造方法、原材料、生产环境五个方面积极寻找改进方法措施。
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